Die Mitgliedsorganisationen sind kantonal, islamisch und multiethnisch organisiert sowie über die ganze Schweiz verteilt. Gegenwärtig sind über 235 islamische Zentren in den 15 Mitgliedsorganisationen der FIDS registriert.

Dachverband der Albanisch-Islamischen Gemeinschaften in der Schweiz
Feldstrasse 14 
4663 Aarburg

Dachverband islamischer Gemeinden der Ostschweiz und des Fürstentums Liechtenstein
Rosenstrasse 45
9500 Wil

Türkisch islamische Stiftung Schweiz
Schwamendingenstrasse102
8050 Zürich

Bosnische Islamische Gemeinschaft in der Schweiz
Aarauerstrasse 57
5036 Oberentfelden

Ligue des Musulmans de Suisse
Avenue de la Confrérie 11
1008 Prilly

Schweizerische Islamische Gemeinschaft
Bahnstrasse 80
8105 Regensdorf

Union Neuchateloise des Organisations Musulmanes
Avenue Léopold-Robert 109
2300 La Chaux-de-Fonds

Union des organisations musulmanes de Genève
Case postale 6346
1211 Genève

Union des associations musulmanes de Fribourg
Rue  St-Nicolas de Flüe 20
1700 Fribourg

Union Vaudoise des Associations Musulmans
Case Postale 345
1000 Lausanne

Verband Aargauer Muslime
Hinterofenstrasse 31
5322 Koblenz

Vereinigung der Islamischen Organisationen in Zürich
Pfingstweidstrasse 16
8005 Zürich

Young Swiss Muslim Network
8000 Zürich

Basler Muslim Kommission

4053 Basel