Die Mitgliedsorganisationen sind kantonal, islamisch und multiethnisch organisiert sowie über die ganze Schweiz verteilt. Gegenwärtig sind über 235 islamische Zentren in den 15 Mitgliedsorganisationen der FIDS registriert.

LMS

Ligue des Musulmans de Suisse
Avenue de la Confrérie 11
1008 Prilly

SIG

Schweizerische Islamische Gemeinschaft
Bahnstrasse 80
8105 Regensdorf

UNOM

Union Neuchateloise des Organisations Musulmanes
Avenue Léopold-Robert 109
2300 La Chaux-de-Fonds

UOMG

Union des organisations musulmanes de Genève
Case postale 6346
1211 Genève

UAMF

Union des associations musulmanes de Fribourg
Rue  St-Nicolas de Flüe 20
1700 Fribourg

UVAM

Union Vaudoise des Associations Musulmans
Case Postale 345
1000 Lausanne

VAM

Verband Aargauer Muslime
Hinterofenstrasse 31
5322 Koblenz

VIOZ

Vereinigung der Islamischen Organisationen in Zürich
Pfingstweidstrasse 16
8005 Zürich